Тусгай зөвшөөрлийн үндсэн дээр байгуулагдах гэрээний онцлог нь
1. Хуульд тусгайлан заасан тохиолдолд заавал байгуулах ёстой,
2. Хуульд тусгайлан заасан тохиолдолд байгуулаагүй бол тухайн ажил, үйлчилгээ явуулах эрх үүсэхгүй,
3. Гэрээ байгуулах урьдчилсан нөхцөл нь тусгай зөвшөөрөл олгосон захиргааны акт гарсан байх явдал байдаг,
4. Хууль тогтоомж, захиргааны актаар урьдчилан заасан нөхцөл байвал тэр нь зөвшөөрөл эзэмшигчийн хүсэл сонирхлоос үл хамааран гэрээнд заавал тусгагдах шинжтэй,
5. Тусгай зөвшөөрөл еөрчлөгдөх, сунгах, хүчингүй болох тохиолдолд гэрээ мөн тийм үр дагавартай.

Иргэн, хуулийн этгээд захиргааны хэргийн шүүхэд хандан гаргасан нэхэмжлэлийн зүйл нь тусгай зөвшөөрөл олгосон захиргааны актын талаар бус харин түүнд үндэслэн гаргасан зөвхөн гэрээтэй нь холбогдолтой байвал захиргааны, эсхүл иргэний хэргийн аль нь болохыг тодорхойлох шаардлагатай.

Зөвшөөрөл авах харилцаа мөн чанартаа нийтийн эрх зүйн хүрээнд хамаарагдаж байгаа, харин зөвшөөрлийн дагуу явуулах үйл ажиллагаа нь хувийн эрх зүйгээр зохицуулагдах харилцаа байдаг. Үүнийг ялгаж, салгасны дүнд гэрээнээс үүдсэн маргаан нь захиргааны хэрэг үү, эсхүл иргэний хэрэг үү гэдгийг шийднэ.

Тусгай зөвшөөрлийн гэрээг байгуулах өөрчлөх, дуусгавар болгохтой холбогдон гарсан маргааныг салбарын тухайн хууль болон Иргэний хуулийн гэрээний талаарх ерөнхий зохицуулалтад үндэслэн шийдвэрлэдэг. Маргааныг шийдвэрлэхэд Иргэний хуулийг хэрэглэж байгаа нь тухайн хэргийг иргэний гэж дүгнэх үндэслэл болж чадахгүй. Учир нь шүүхээс хэрэг маргааныг шийдвэрлэхдээ Үндсэн хууль, түүнд нийцүүлэн гаргасан бусад хуулийг хэрэглэдэг. Тусгай зөвшөөрлийн үндсэн дээр байгуулсан гэрээтэй холбоотой маргааны харьяалал тогтооход гол нөлөөлөх хүчин зүйл нь
1. Тухайн гэрээг байгуулах болсон зорилго,
2. Тусгай зөвшөөрөл олгосон захиргааны акт ба түүнд үндэслэсэн гэрээ нь эрх зүйн үйлчлэлийн хувьд нэгдмэл байх ёстой эсэх,
3. Гэрээний эрх зүйн үр нөлөө юм.

Нэг. Тусгай зөвшөөрлийн гэрээг нэг талаас захиргааны байгууллага, албан тушаалтан байгуулж байгаа нь тэдгээрт хуулиар хүлээлгэсэн бүрэн эрх, чиг үүргийг хэрэгжүүлэх үүднээс хийгдэж байгаа үйл ажиллагаа юм. Өөрөөр хэлбэл захиргааны байгууллага, албан тушаалтан нийгэм, хүн амын өмнө хүлээж буй чиг үүргээ хэрэгжүүлэхдээ захиран тушаах, эсхүл харилцан зөвшилцлийн замаар гэрээ байгуулах гэсэн эрх зүйн хэлбэрийн аль зохистойг нь сонгож байгаа хэрэг болно. Ингэхдээ нийтийн зорилгоор, эсхүл төр иргэний эрх зүйн харилцаанд оролцогчийн хувиар өөрийн ашиг сонирхлоо хангах үүднээс хийгдэж болох талтай.

Аж ахуйн үйл ажиллагаа эрхлэх зөвшөөрөл олгосны үндсэн дээр байгуулагдсан гэрээний хэм хэмжээ нь дийлэнхдээ нийтийн эрх зүйн шинжтэй байдаг. Уг гэрээнд нийт хүн амын ашиг сонирхлыг (аюулгүй байдал, нийгмийн хэв журам г.м.) хамгаалах зорилгоор талуудын эрх, үүрэг тодорхойлогдсон байх нь элбэг. Хэрэв тухайн гэрээтэй холбоотой маргаан үүсвэл нийтийн эрх зүйн хүрээнд хамаарах гэрээ тул Захиргааны хэргийн шүүх харьяалан шийдвэрлэнэ. Жишээ нь:
Эмийн худалдаа эрхлэх үйл ажиллагааг тусгай зөвшөөрлөөр олгодог. Түүнд үндэслэн байгуулах гэрээнд эмийн худалдаа эрхлэх байрны талбайн хэмжээг зайлшгүй тусгадаг ба энэ нь гэрээний нэг тал болох төрд ашигтай зүйл бус харин нийтийн эрүүл ахуй, бусад ашиг сонирхлыг хангаж хийдэг зохицуулалт юм.